National Human Genome Research Institute National Human Genome Research Institute National Human Genome Research Institute National Institutes of Health
   
       Home | About NHGRI | Newsroom | Staff
Research Grants Health Policy & Ethics Educational Resources Careers & Training

Intramural Research > Online Research Resources > SOOP

Overgo Characteristics:

<
Probe Name  Oligonucleotide 1  Oligonucleotide 2  Universal or Generic  Design Method  "Coding,Non-Coding (UTR)"  Gene GenBank Acession Number  Positive Species *  Number of Baboon Positive Clones **  Number of Chimpanzee Positive Clones **  Number of Cat Positive Clones **  Number of Dog Positive Clones **  Number of Cow Positive Clones **  Number of Pig Positive Clones **  Location of Probe in Human Sequence  % Identity of entire ungapped alignment  Length of ungapped alignment (bp)  % Identity of probe sequence  36-bp Probe Sequence  Comparison to Mouse  Comment 
1h4049921-1  ATAATTTCCTCCGGTGCTGCTG   TCACGACTCCTCCTCAGCAGCA   generic  semi-manual  UTR  AB032253  BMK___  9  3  3        192375-192340        ATAATTTCCTCCGGTGCTGCTGAGGAGGAGTCGTGA    4049921 WSTF hit to williams genomic 
1h4049921-2  ACAGTGACAAGCCTTTGAAGGC   TGCTTCTGCCCTTTGCCTTCAA   universal  semi-manual  coding  AB032253  BM___P  8  3        3  148407-148372  86%  1461  88.90%  ACAGTGACAAGCCTTTGAAGGCAAAGGGCAGAAGCA  ACAGTGACAAG->ACCTT->CTGAAGGCA->CAAGGGCAGAA->GGCA  4049921 WSTF hit to williams genomic 
1h436225-2  CCCCTCAATCAAGTAGCCAATC   GATAGCAGAGTTGGGATTGGCT   universal  semi-manual  coding  NM_022170  BMKDC_  14(5)  1  8  10  12    696085-696120  85%  158  91.70%  CCCCTCAATCAAGTAGCCAATCCCAACTCTGCTATC  CCCCTCAATCAAGTAGCCAAT->CCCCAACTCT->AGCT->CATC  436225 EIF4H hit to williams genomic 
1h4502384-1  TCTGCGAGAAGAGAGAGATGTG   TAGAAGGTGCCTTCCACATCTC   generic  semi-manual  UTR  NM_001707  BM__C_  13  3      10    207107-207072        TCTGCGAGAAGAGAGAGATGTGGAAGGCACCTTCTA    4502384 BCL7B hit to williams genomic 
1h4503730-1  TCCATAGGCGTAGTTCGGTTTG   GCCAGGTTTCTGTTCAAACCGA   universal  semi-manual  coding  NM_003602  BM___P  5  3        1  15-50  85%  235  75.00%  TCCATAGGCGTAGTTCGGTTTGAACAGAAACCTGGC  T->GCCA->GTAG->AGCG->ATAGT->GT->CC->TGGT->CTTGAACAGA->GAACCTGGC  4503730 FKBP6 hit to williams genomic 
1h4503730-2  CTTGTCAGTAGCTGCGCTTTCC   TAACAGAAGGGAGGGGAAAGCG   generic  semi-manual  UTR  NM_003602  _M___P    2        9  28218-28183        CTTGTCAGTAGCTGCGCTTTCCCCTCCCTTCTGTTA    4503730 FKBP6 hit to williams genomic 
1h4503834-1  TTGAGGCGTTCGTAGACATAGC   CTGCGTCATCGTTTGCTATGTC   universal  semi-manual  coding  NM_003508  BM___P  1  2        7  105558-105523  88%  1757  86.10%  TTGAGGCGTTCGTAGACATAGCAAACGATGACGCAG  TTGAGGCGTTCG->ATAG->AACA->GTAGCAA->GACG->AATGACGCAG  4503834 FZD3 hit to williams genomic 
1h4704416-1  CTTCTGTCTCCAAGGATGGTAC   CCCACAGTTTCCATGTACCATC   universal  semi-manual  coding  NM_012453  BMKDCP  12  4  6  15  11  1  241103-241068  86%  146  86.10%  CTTCTGTCTCCAAGGATGGTACATGGAAACTGTGGG  CT->CTCT->CGTCTCCAAGGATGGT->GACATGGAAA->GCTG->ATGGG  4704416 WS-BetaTRP hit to williams genomic 
1h4704418-1  TCAACGGTGGAAAGAGGAGGAT   GACAGAGAAACAGCATCCTCCT   generic  semi-manual  UTR  BC012925  _MKDC_    2  7  11  10    263641-263606        TCAACGGTGGAAAGAGGAGGATGCTGTTTCTCTGTC    4704418 bHLH hit to williams genomic 
1h5881412-2  CAACTCCAAGTCCAGGAACACC   TTGGAGTTGGTGCTGGTGTTCC   universal  semi-manual  coding  NM_000501  B_KDC_  4    8  10(6)  3    561337-561302  82%  137  61.10%  AGGACTCAGCCTCCTGCCGCTGCCTCCTTAATTAAT  AGGACTCA->GG-->T-->A-->G-->A-->TCCT->AC->GC->TT->CGCCG->TCTGC->GC->TTC->GCTT->GAA->GTTAAT  5881412 ELN hit to williams genomic 
1h7427512-1  AATGCAATGACAGGTTCTGGGC   TGGAGTCGCTGACTGCCCAGAA   universal  semi-manual  coding  NM_003388  BM____  13  5          839706-839671  85%  588  83.30%  AATGCAATGACAGGTTCTGGGCAGTCAGCGACTCCA  AATGCAA->GT->GGACAGGTTCTGGGCA->CGTC->GAGC->GGAC->TTCCA  7427512 CYLN2 hit to williams genomic 
1h7427512-3  GAGTAGCGCCTCTGATCCGACA   CAAAGAGAAATCCCTGTCGGAT   universal  semi-manual  coding  NM_003388  BMKDCP  6  4  7  2  13  6  901270-901235  83%  199  83.30%  GAGTAGCGCCTCTGATCCGACAGGGATTTCTCTTTG  GAGTAGCGC->TCTCTGA->CTCC->TGAC->TAGGGAT->CTTCTCT->CTTG  7427512 CYLN2 hit to williams genomic 
1h7705386-1  CATGGAGTCTAAGGCAGACACG   ATCATCACCAGCCTCGTGTCTG   universal  semi-manual  coding  NM_005685  BMKDCP  13  2  14  6  9  8  1009066-1009031  83%  144  86.10%  CATGGAGTCTAAGGCAGACACGAGGCTGGTGATGAT  CATGGAGTCTAAGGCA->GGACACG->CAGG->ACTGG->TTGATGAT->G  7705386 GTF3 hit to williams genomic 
1h7705386-2  GACAAACTGGATGCTGTTGCTG   AAGATTCTGGAGGCCAGCAACA   universal  semi-manual  coding  NM_005685  BMKDCP  11  2  7  5  9  6  1048141-1048106  58%  139  94.40%  GACAAACTGGATGCTGTTGCTGGCCTCCAGAATCTT  GACAAACTGGATGCTGTTGCTG->CGCC->TTCCAGAATCTT  7705386 GTF3 hit to williams genomic 
1h7705386-3  AGGACTCAGCCTCCTGCCGCTG   ATTAATTAAGGAGGCAGCGGCA   generic  semi-manual  UTR  NM_016328  BMKDC_  16(6)  2  14  7(3)  12    954984-954949        TGGTGACATTCCTCATGTCAGCTCTCGAGTCCATGT    7705386 GTF3 hit to williams genomic 
1h8051616-1  AGTCCTTCTTGCAGAAGAGCTG   ATGAGAAGGATGGGCAGCTCTT   universal  semi-manual  coding  NM_002314  BM___P  6  1        6  597558-597523  86%  168  94.40%  ATGAGAAGGATGGGCAGCTCTTCTGCAAGAAGGACT  AT->CGAGAAGGATGGG->ACAGCTCTTCTGCAAGAAGGACT  8051616 LIMk hit to williams genomic 
1h8051616-2  GATGCTCAACTGAGGCAAAGTG   GAGGGCCATTTTGTCACTTTGC   universal  semi-manual  UTR  NM_002314  BMKDCP  5  1  9  12  9  8  623206-623171  81%  62  80.60%  GAGGGCCATTTTGTCACTTTGCCTCAGTTGAGCATC  GAGGGCCATT->GTT->CG->TTCACTT->CT->CGCC->TTCAGTTGAG->CCATC  8051616 LIMk hit to williams genomic 
2h4557412-1  TTGTGTACGAGCGTAGGACGAT   GACAGAAGAGAAGCATCGTCCT   universal  semi-manual  coding  NM_001233  BM____  2  7          162828-162863  85%  169  77.80%  TTGTGTACGAGCGTAGGACGATGCTTCTCTTCTGTC  TTGTGTACG->AAGC->TGTA->GGGA->CCGA->CT->AGCTTCTCT->ATCT->GGTC  4557412 CAV2 hit to 7382312 162736..163500 
2h4557746-1  TGACTTCTCCACTGGTTCCTGG   TTACCTTTCGGTGCCCAGGAAC   generic  semi-manual  non-coding    BM____  9  4          329312-329347        TGACTTCTCCACTGGTTCCTGGGCACCGAAAGGTAA    4557746 MET hit to 7382312 329171..329348 
2h4557746-2u  TGGAACACCCAGATTGTTTCCC   TGCAGTCCTGACATGGGAAACA   universal  semi-manual  coding  NM_000245  BMKDCP  8  5  1  7  11  7  356119-356154  85%  524  91.70%  TGGAACACCCAGATTGTTTCCCATGTCAGGACTGCA  TGGAACACCCAGATTGTTTC->ACCA->TTGTCA->GGGACTGCA  4557746 MET hit to 7382312 355835..357053 
2h4557746-3  CGCCGTGATGAATATCGAACAG   AGCTGTGGTAAACTCTGTTCGA   universal  semi-manual  coding  NM_000245  BM__C_  2  2      9    388467-388502  84%  236  86.10%  CGCCGTGATGAATATCGAACAGAGTTTACCACAGCT  CGCC->AGTGAT->CGAA->GTATCGA->GACAGAGTTTACCACA->GGCT  4557746 MET hit to 7382312 388433..388627 
2h4557746-4u  GCAACAGCTGAATCTGCAACTC   TTGGTTTTCAGGGGGAGTTGCA   universal  semi-manual  coding  NM_000245  BMKDCP  16  3  5  9  1  1  419869-419904  88%  255  86.10%  GCAACAGCTGAATCTGCAACTCCCCCTGAAAACCAA  GC->AAACAGCTGA->GA->GT->CCTGCAACTCCCCCTGAAA->GACCAA  4557746 MET hit to 7382312 419815..420035 
2h4557746-5  TCATGCCGACAAGTGCAGTATC   CATGTCTGTCAGAGGATACTGC   universal  semi-manual  coding  NM_000245  BM__CP  13  3      10  7  431676-431711  89%  266  86.10%  TCATGCCGACAAGTGCAGTATCCTCTGACAGACATG  T->GCATGCC->AGACAAGTGCAG->ATAT->CCCTCTGACAGACA->CTG  4557746 MET hit to 7382312 431645..431878 
2h4557746-6u  TCTGAACTGGTGTCCCGGATAT   AGAGAAGATCGCTGATATCCGG   universal  semi-manual  coding  NM_000245  BM____  6  1          452708-452743  85%  225  80.60%  TCTGAACTGGTGTCCCGGATATCAGCGATCTTCTCT  TCT->CGAACTGGTG->CTCCC->AGGATATCA->CG->TCG->AATCTTCTCT->C  4557746 MET hit to 7382312 452653..452982 
2h4580417-1u  AACAGGGCAACATCTACAAGCC   TGGCCTTGTTGTTGGGCTTGTA   universal  semi-manual  coding  NM_001753  BMKDCP  9  4  11  7  16  17  183319-183354  94%  175  100.00%  AACAGGGCAACATCTACAAGCCCAACAACAAGGCCA  AACAGGGCAACATCTACAAGCCCAACAACAAGGCCA  4580417 CAV11 hit to 7382312 183289..183457 
2h4580417-2u  AAGGGACACACAGTTTTGACGG   TGGCCTTCCAAATGCCGTCAAA   universal  semi-manual  coding  NM_001753  BMKD__  8  5  10  6      215743-215778  58%  205  94.40%  AAGGGACACACAGTTTTGACGGCATTTGGAAGGCCA  AAGGGACACACAGTTTT->CGACGGCATT->CTGGAAGGCCA  4580417 CAV11 hit to 7382312 215710..216144 
2h5453598-1u  TAAGGAAGGAGGCAACTGATCC   CTTCACAGGGTCTTGGATCAGT   universal  semi-manual  coding  NM_006136  BMKD__  16(10)  3  1  1      561025-561060  88%  249  86.10%  TAAGGAAGGAGGCAACTGATCCAAGACCCTGTGAAG  TAAGG->AAAGGAG->AGCAACTGATCCAAGA->GCCCTG->AT->CGAAG  5453598 CAPZA2 hit to 7382312 560941..561151 
2h6862585-1  TGCCGAAAAGAAAATATCCACC   GGGGGTGGAATTTTGGTGGATA   universal  semi-manual  non-coding    BM____  6  2          903628-903663  80%  233  80.60%  TGCCGAAAAGAAAATATCCACCAAAATTCCACCCCC  TGCCG->AAA->CAAGAAAATA->CT->CCCACCA->CA->TAA->TTTCCACCCCC  6862585 WNT-2 hit to 7629982 306241..306473 
2h6862585-3u  CTCTGCATTGGCAACACTAGCA   CCCCTTATGTATGCTGCTAGTG   universal  semi-manual  coding  Ankyrin-related  BM__C_  7  4      4    983456-983491  88%  136  91.70%  CTCTGCATTGGCAACACTAGCAGCATACATAAGGGG  CTCTGCATTGGCA->CACACTAGCA->GGCATACATAAGG->AGG  6862585 WNT-2 hit to 7629982 386082..386217 
2h6862585-4  TTAGTGTTGAGGGCATGCAGGT   CCTCATGTCAGACGACCTGCAT   universal  semi-manual  non-coding    BMK__P  7  3  10      9  1032139-1032174  84%  97  80.60%  TTAGTGTTGAGGGCATGCAGGTCGTCTGACATGAGG  TTAGT->AG->ATTGAGGGCATGCAGG->TTCG->ATCTG->AACA->TTGAG->AG  6862585 WNT-2 hit to 7629982 434762..434858 
2h6862585-5u  AGTTTGATGGCTGCTGAGAGGA   TTACAGGAGGTCAGTCCTCTCA   universal  semi-manual  coding  NM_033427  BM____  2  1          1272923-1272958  90%  272  83.30%  AGTTTGATGGCTGCTGAGAGGACTGACCTCCTGTAA  AGTTTGAT->CGGCTGCTGA->GGAGGACTGA->GCC->TTCCTG->AT->CAA  6862585 WNT-2 hit to 7629982 675381..675652 
2h6862585-6  CTTTCCTTCGTAAGAACCTCTG   TGCAAGGACTGCTGCAGAGGTT   universal  semi-manual  coding  NM_033427  BM____  2  2          1296094-1296129  87%  203  91.70%  CTTTCCTTCGTAAGAACCTCTGCAGCAGTCCTTGCA  CTTTCCTTCGTAAGAACCTCTGC->AAGCAG->ATCCTTGC->AA  6862585 WNT-2 hit to 7629982 698759..698961 
2h6957695-1u  TCCACTCCTGGTTTGACACTTG   AAGTTTCTGGACTCCAAGTGTC   universal  semi-manual  non-coding    BM____  5  5          65243-65278  85%  169  83.30%  TCCACTCCTGGTTTGACACTTGGAGTCCAGAAACTT  TCC->TA->GCTCCTGGTTTGACACTTG->AG->CAGTCC->TAGAAAC->GTT  6957695 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-11G22 hit to 7382312 65237..65405 
2h6957695-2  GTATCTGAGAGAGGTGAAGGAG   TTTATGCCCCCTCCCTCCTTCA   universal  semi-manual  non-coding    BMKDC_  8  6  1  8  39(0)    99926-99961  81%  135  72.20%  GTATCTGAGAGAGGTGAAGGAGGGAGGGGGCATAAA  GT->AATCTGAG->CAGAGGTGAAG->AGAG->AGG->AAG->TGGG->AG->AC->TAT->AAAA  6957695 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-11G22 hit to 7382312 99894..100028 
2h6957695-3  TGAAGAGGGAAGCTTGGCAAGA   TTCCTGTTCCCTTCTCTTGCCA   universal  semi-manual  non-coding    BM_D_P  6  2    6    10  249404-249439  83%  135  83.30%  TGAAGAGGGAAGCTTGGCAAGAGAAGGGAACAGGAA  TGAAGAG->AG->TGA->GAG->ACTTGGCAAGA->GGA->CAGGGAACAGGAA  6957695 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-11G22 hit to 7382312 249394..249528 
2h6957695-4  TGCCCAAGAATGGAAAGGGTAG   TGCTCCTGCTGTTTCTACCCTT   universal  semi-manual  non-coding    _M_D__    1    1      272763-272798  83%  251  80.60%  TGCCCAAGAATGGAAAGGGTAGAAACAGCAGGAGCA  TGC->TCCAAGAAT->AGGAAA->GGG->AG->ATA->GGA->GAACAGCAGGAGCA  6957695 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-11G22 hit to 7382312 272755..273005 
2h6995995-1  CACCCAGAGTAGTAGGTCTTTG   CAAGCTCCTAATGCCAAAGACC   generic  semi-manual  UTR  NM_000492  _M____    1          1041187-1041222        CACCCAGAGTAGTAGGTCTTTGGCATTAGGAGCTTG    6995995 CFTR hit to 7629982 443813..444000 
2h6995995-2  GGACCAGACCAATTTTGAGGAA   GCTGTCTGTATCCTTTCCTCAA   universal  semi-manual  coding  NM_000492  BMK_C_  4  6  12    10    1065425-1065460  83%  131  88.90%  GGACCAGACCAATTTTGAGGAAAGGATACAGACAGC  GGAC->GCAG->CAC->GCAATTTTGAGGAAAGGA->GTACAGACAGC  6995995 CFTR hit to 7629982 468085..468213 
2h6995995-3u  TCCCCTTTTGTAGGAAGTCACC   GGCTGTACTGCTTTGGTGACTT   generic  semi-manual  non-coding    BMKDC_  2  6  10  5  7    1092056-1092091        TCCCCTTTTGTAGGAAGTCACCAAAGCAGTACAGCC    6995995 CFTR hit to 7629982 494732..494964 
2h6995995-5  AGAAGGCTGTCCTTAGTACCAG   TCCCTGCTCAGAATCTGGTACT   universal  semi-manual  coding  NM_000492  BM____  2  5          1153537-1153572  72%  116  77.80%  AGAAGGCTGTCCTTAGTACCAGATTCTGAGCAGGGA  AG->AA->GAGG->ACTGTCCT->CTAGTA->TCCA->GGATTCTGAG->ACAGGGA->G  6995995 CFTR hit to 7629982 555774..556508 
2h6995995-6u  ACTGCCAACTGGTTCTTGTACC   GCGCAGTGTTGACAGGTACAAG   universal  semi-manual  coding  NM_000492  BMKDC_  2  2  9  8  4    1172867-1172902  90%  248  83.30%  ACTGCCAACTGGTTCTTGTACCTGTCAACACTGCGC  ACTGCCAACTGGTTC->TT->ATGTAC->TCTGT->GCAACA->CC->TTGCGC  6995995 CFTR hit to 7629982 575429..575659 
2h6995995-7  GACATGCCAACAGAAGGTAAAC   GGTTGACTTGGTAGGTTTACCT   generic  semi-manual  coding  NM_000492  BM____  1  4          1188725-1188760        GACATGCCAACAGAAGGTAAACCTACCAAGTCAACC    6995995 CFTR hit to 7629982 591371..591625 
2h6995995-8  GGAACTCAAGCAAGTGCAAGTC   CAATCTGGGGCTTAGACTTGCA   universal  semi-manual  coding  NM_000492  BM____  1  2          1228193-1228228  75%  221  66.70%  GGAACTCAAGCAAGTGCAAGTCTAAGCCCCAGATTG  GG->CA->CACTCA->CAGCAAGT->CG->ACAAGT->CCTA->CA->GGC->ACC->GCAG->AATTG->A  6995995 CFTR hit to 7629982 630757..632156 
2h7144756-1  CTGACACGTTTGTTCAAAAGCC   ACGCTCCATCTTCAGGCTTTTG   universal  semi-manual  non-coding    _M____    2          294054-294089  82%  251  69.40%  CTGACACGTTTGTTCAAAAGCCTGAAGATGGAGCGT  C->GTGACAC->TGTTT->GG->ATTCAAAAGCC->TTG->CAA->CG->AAT->CG->TGAGCG->AT  7144756 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-208N9 hit to 7382312 293881..294107 
2h7340319-2u  AAGTTCTACGTGGCCCTAACAG   TAGTGAGGAAGTGCCTGTTAGG   universal  semi-manual  coding  NM_018412  ____C_          10    660961-660996  91%  117  94.40%  AAGTTCTACGTGGCCCTAACAGGCACTTCCTCACTA  AAGTTCTACGTGGCCCTA->GACAGGCACTTCCTCA->GCTA  7340319 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-40I5 hit to 7629982 63609..63725 
2h7340319-3u  CGGGGACTCAGATTCCAATAGG   CCTGAGACACTTTGCCTATTGG   universal  semi-manual  coding  NM_018412  B_KDCP  2    18  3  8  2  680856-680891  93%  188  88.90%  CGGGGACTCAGATTCCAATAGGCAAAGTGTCTCAGG  C->TGGG->AGACTCAGATTCCAAT->CAGG->ACAAAGTGTCTCAGG  7340319 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-40I5 hit to 7629982 83394..83581 
2h7340319-4u  GACCTGGAGATGATTATGATGT   CCCTAACACTAGTGACATCATA   universal  semi-manual  non-coding    B_KDC_  4    13  1  8    699137-699172  87%  292  97.20%  GACCTGGAGATGATTATGATGTCACTAGTGTTAGGG  GACCTGGAGATGATTATGATGTCACTAGTGTTAGG->AG  7340319 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-40I5 hit to 7629982 101620..101911 
2h7363404-1u  TGCAGTCATCAGTGGCAACATC   ATCGGACTGTGCATGATGTTGC   universal  semi-manual  coding  NM_033427  B_K_CP  1    7    4  1  1328250-1328285  90%  199  97.20%  TGCAGTCATCAGTGGCAACATCATGCACAGTCCGAT  TGCAGTCATCAGTGGCAACATCA->GTGCACAGTCCGAT  7363404 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-219K14 hit to 7629982 730895..731093 
2h7363404-2u  GTCTACAGGATGAGGCACTAAC   CTTCCATAAACCCCGTTAGTGC   universal  semi-manual  coding  NM_033427  B_KDC_  2    8  1  3    1352334-1352369  90%  388  91.70%  GTCTACAGGATGAGGCACTAACGGGGTTTATGGAAG  GT->GCTACA->GGGATGAGGCACTAACG->AGGGTTTATGGAAG  7363404 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-219K14 hit to 7629982 754949..755336 
2h7363404-3  CTGGCTCAAAATGGGAAGTGGA   TTTGCCTCCGGTAATCCACTTC   universal  semi-manual  non-coding    B_____  4            1369498-1369533  80%  242  61.10%  CTGGCTCAAAATGGGAAGTGGATTACCGGAGGCAAA  CTGGCT->AC->AAA->GA->GA->GT->CG->AG->AGA->GAG->ATG->AGATTACCG->CG->CAGGCAAA->G  7363404 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-219K14 hit to 7629982 772147..772388 
2h7363404-5  GTATTCACAGCTCCCACTCACA   GGAATTTTCAAAGCTGTGAGTG   universal  semi-manual  non-coding    B__D__  4      1      1463560-1463595  82%  152  97.20%  GTATTCACAGCTCCCACTCACAGCTTTGAAAATTCC  G->ATATTCACAGCTCCCACTCACAGCTTTGAAAATTCC  7363404 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-219K14 hit to 7629982 866189..866340 
2h7363404-6  GTCTTCCTGACTAGAAATGAAT   CCGACATTCCACACATTCATTT   universal  semi-manual  non-coding    B_____  4            1490307-1490342  85%  111  83.30%  GTCTTCCTGACTAGAAATGAATGTGTGGAATGTCGG  G->CTC->TTTCCTG->AACTAGA->GAATGAATGTGTGGA->TATGTCG->TG  7363404 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-219K14 hit to 7629982 892922..893032 
2h7656740-1u  GCACGATTGTTTACAACCCTTG   GCAGGGAAGAAAGTCAAGGGTT   universal  semi-manual  non-coding    _M____    3          466349-466384  90%  101  86.10%  GCACGATTGTTTACAACCCTTGACTTTCTTCCCTGC  G->ACACG->AA->GTTGTTTACAACCCTTGACTTTCTT->CCCCT->GGC  7656740 Mus musculus clone RP23-416H6 hit to 7382312 466335..466435 
2h7656740-2  GGCTCAGAATGTACTCATCGCA   ATATGGGCTCAGTCTGCGATGA   universal  semi-manual  non-coding    BM____  10  1          519050-519085  83%  109  86.10%  GGCTCAGAATGTACTCATCGCAGACTGAGCCCATAT  GGCTCAGAATGTACTCATCGCA->CG->AACT->CGA->GGC->TCCATAT  7656740 Mus musculus clone RP23-416H6 hit to 7382312 518989..519097 
2h7656740-3u  AGGTGCGTATAGCAGCAAAATT   GGGCATGAATGATGAATTTTGC   universal  semi-manual  coding  NM_006136  BMKDCP  11  3  6  4  1  9  544891-544926  87%  113  94.40%  AGGTGCGTATAGCAGCAAAATTCATCATTCATGCCC  AGGTG->TCGTATAGCAGCAAAATTCATCATTCAT->CGCCC  7656740 Mus musculus clone RP23-416H6 hit to 7382312 544860..544972 
2h7705076-1u  TTCTATCCTTGGCCCATCCCAT   CTATGGGGAAGAACATGGGATG   universal  semi-manual  non-coding    BMKDC_  5  1  20  6  8    720505-720540  88%  356  91.70%  TTCTATCCTTGGCCCATCCCATGTTCTTCCCCATAG  T->CTCTATCCT->ATGGCCCATCCCATGTTCTTCCC->TCATAG  7705076 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-86H7 hit to 7629982 123073..123428 
2h7705076-2u  CCTCTGCTGTATCAGACAGGTT   CACACTTAACAGCAAACCTGTC   universal  semi-manual  non-coding    BMKDC_  6  1  19  3  8    751216-751251  97%  250  97.20%  CCTCTGCTGTATCAGACAGGTTTGCTGTTAAGTGTG  CCTCTGCT->AGTATCAGACAGGTTTGCTGTTAAGTGTG  7705076 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-86H7 hit to 7629982 153894..154143 
2h7705076-3u  TACCATATGTGCACTGATGCTG   GGTTCCATTGTAACCAGCATCA   universal  semi-manual  non-coding    BMKDC_  5  1  17  1  9    779119-779154  91%  202  97.20%  TACCATATGTGCACTGATGCTGGTTACAATGGAACC  TACCATATGTGCACTGATGCTGGTTACAATGGA->GACC  7705076 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-86H7 7629982 181746..181947 
2h7705076-4  GTTCTTGAGGGCAAAGAGAACC   TGAAGTGCCCTGTAGGTTCTCT   universal  semi-manual  non-coding    B_K___  7    11        803827-803862  83%  303  94.40%  GTTCTTGAGGGCAAAGAGAACCTACAGGGCACTTCA  GTTCTTGAGGGCAAAGAGAACCTACAGGG->AC->TACTTCA  7705076 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-86H7 hit to 7629982 206311..206613 
2h7705076-6u  GTTAGCCACAGTGAAACCTGTG   ATGAACCAGGATGGCACAGGTT   universal  semi-manual  coding  NM_003391  BMK_CP  7  1  6    3  9  858864-858899  91%  306  86.10%  GTTAGCCACAGTGAAACCTGTGCCATCCTGGTTCAT  G->ATTA->GGCC->TACAGTGAAA->GCCT->AGTGCCATCCTGGTTCAT  7705076 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-86H7 hit to 7629982 261448..261755 
2h7705076-7u  AGGGGCGTTCATATTAACCCCC   TGATGCAGACGCAAGGGGGTTA   universal  semi-manual  UTR  NM_003391  BM__CP  5  2      6  6  884148-884183  95%  217  94.40%  AGGGGCGTTCATATTAACCCCCTTGCGTCTGCATCA  AGGGG->ACGTTCATATTAACCCCCTTGCGTCTG->ACATCA  7705076 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-86H7 hit to 7629982 286733..286933 
3h1707506-1u  TCCTGGACCACATATCAGAACC   AGTGAGGAACTGCTGGTTCTGA   universal  semi-manual  coding  NM_006980  BM____  12  2          1713821-1713856  85%  734  83.30%  TCCTGGACCACATATCAGAACCAGCAGTTCCTCACT  TCCTGGA->GCCACATATCAGAAC->GCAGCAGT->GTCCTC->GA->TC->TT  1707506 HSMTERF hit to 7629979 254072..255239 
3h2149601-2u  GGGTTGTAAATACAGGTATCTG   AGCCCTAGAGAAAGCAGATACC   universal  semi-manual  coding  NM_004912  BMK_C_  13  5  6    13    2075298-2075333  86%  315  94.40%  GGGTTGTAAATACAGGTATCTGCTTTCTCTAGGGCT  GGGTTGTAAATA->GCAGGTA->GTCTGCTTTCTCTAGGGCT  2149601 Krit1 hit to 7629979 615873..616003 
3h4128007-1  GAAAAGCTCAGTCGGATGGGCA   TCTTGGAAGGACTCTGCCCATC   generic  semi-manual  coding  NM_005751  B_____  4            1813591-1813626        GAAAAGCTCAGTCGGATGGGCAGAGTCCTTCCAAGA    4128007 Hyperion hit to 7629979 354184..354441 
3h4128007-2u  AGAGCTGGATGAGATGTATGGG   TGCACTATCTGCTGCCCATACA   universal  semi-manual  coding  NM_005751  BMKDCP  7  3  2  1  1  10  1841083-1841118  78%  1820  94.40%  AGAGCTGGATGAGATGTATGGGCAGCAGATAGTGCA  AGAGCTGGATGAGATGTATGGGC->AAGCAG->AATAGTGCA  4128007 Hyperion hit to 7629979 381317..383708 
3h4128007-4  GCATCATCAAAGCAAGCACATG   TTGCTGACACACAGCATGTGCT   universal  semi-manual  coding  NM_005751  BM____  6  2          1878355-1878390  77%  147  63.90%  GCATCATCAAAGCAAGCACATGCTGTGTGTCAGCAA  G->AC->TAT->CC->AATCAA->GAG->ACAAGCACAT->CG->ACTG->CTG->ATGTC->TA->CG->TCAA  4128007 Hyperion hit to 7629979 418890..419247 
3h4128007-6u  CAGGTTCACAGGAAAACACTGC   CTCCTGTTCTGTCTGCAGTGTT   universal  semi-manual  coding  AB018346  B_____  8            1936973-1937008  80%  674  88.90%  CAGGTTCACAGGAAAACACTGCAGACAGAACAGGAG  CAGGTTCAC->TA->CG->AGAAA->GACACTGCAGACAGAACAGGAG  4128007 Hyperion hit to 7629979 477160..477828 
3h4502546-1u  AATTAGCCCTCCTGGATCTTCC   CTCAGGCTTTTCCAGGAAGATC   universal  semi-manual  UTR  NM_001742  ______              3266491-3266526  85%  292  66.70%  AATTAGCCCTCCTGGATCTTCCTGGAAAAGCCTGAG  AATTAGCCC->AT->CC->ACT->AGG->AA->GTCTTCC->TTGG->AAAAAG->CC->ACT->AGA->GG  4502546 CALCR hit to 7629979 1807058..1808156 
3h4502546-2  CGAGCTCTCCATTGGGTACTAC   TCCACCTGGTTGAAGTAGTACC   universal  semi-manual  coding  NM_001742  B_KD_P  3    4  7    2  3302032-3302067  82%  191  86.10%  CGAGCTCTCCATTGGGTACTACTTCAACCAGGTGGA  CG->CAGC->ATCTCCATTGGGT->CACT->AACT->CTCAACCAGGTGGA  4502546 CALCR hit to 7629979 1842625..1842764 
3h4502740-1  TTCCTTGGAGAAGCAGAGCCTG   TGCTGTCTTCTGGACAGGCTCT   universal  semi-manual  coding  NM_001259  BMKD__  5  4  3  7      2456189-2456224  80%  152  86.10%  TGCAAATATGCAGCCAACACTCCAGAGATCCACGGG  TGCAAAT->GATGCAG->ACCA->GACACTCCAGAGA->GTCCACG->AGG  4502740 CDK6 hit to 7629979 996800..997105 
3h4502740-2  TGCAAATATGCAGCCAACACTC   CCCGTGGATCTCTGGAGTGTTG   universal  semi-manual  coding  NM_001259  BMK__P  6  10  7      7  2512642-2512677  85%  159  91.70%  GAGGTTAGAGCCATCTGGAAACTATAGATGCGGGCA  GAGGTT->AAGA->GGCCATCTGG->AAAACTATAGATGCGGGCA  4502740 CDK6 hit to 7629979 1053236..1053347 
3h4502740-3  GAGGTTAGAGCCATCTGGAAAC   TGCCCGCATCTATAGTTTCCAG   universal  semi-manual  coding  NM_001259  BMKD__  5  5  6  5      2566829-2566864  90%  184  94.40%  GGTTTCTCTGTCTGTTCGTGACACTGTGCACACATC  GGTTTCTCTGTCT->CGTT->CCGTGACACTGTGCACACATC  4502740 CDK6 hit to 7629979 1107435..1107606 
3h4502740-4  GGTTTCTCTGTCTGTTCGTGAC   GATGTGTGCACAGTGTCACGAA   universal  semi-manual  coding  NM_001259  BMKDCP  4  3  13  4  4  3  2615988-2616023  89%  159  91.70%  GGAGTTTGGTGTCAGTTTCCAGCCTTCCATAAGAGG  GGAGTTTGGTGTC->TAGTTTCC->TAGCCTTCCATAAGA->GGG  4502740 CDK6 hit to 7629979 1156506..1156644 
3h4502740-5u  TTCTTCAAGTCGCGGGCCTTGA   CTATGGGAAGGTGTTCAAGGCC   universal  semi-manual  coding  NM_001259  BM__C_  1  3      3    2674419-2674454  90%  259  97.20%  TTCTTCAAGTCGCGGGCCTTGAACACCTTCCCATAG  TTCTTCAA->GGTCGCGGGCCTTGAACACCTTCCCATAG  4502740 CDK6 hit to 7629979 1214900..1215144 
3h4505724-2  GGAGTTTGGTGTCAGTTTCCAG   CCTCTTATGGAAGGCTGGAAAC   universal  semi-manual  coding  NM_000466  BM_D__  13  4    7      2359188-2359223  77%  466  100.00%  GGAGTTTGGTGTCAGTTTCCAGCCTTCCATAAGAGG  GGAGTTTGGTGTCAGTTTCCAGCCTTCCATAAGAGG  4505724 PEX1 hit to 7629979 899084..899853 
3h5031610-1u  ATAGCACAGCAGCTTTGTTTGG   TTATCCAGAGGGAGCCAAACAA   universal  semi-manual  coding  NM_005868  BM_D_P  3  5    10    23  3834608-3834643  88%  212  88.90%  ATAGCACAGCAGCTTTGTTTGGCTCCCTCTGGATAA  ATAGCAC->TAGCAG->AC->TTTTGTTTGGCTCCCTCTGGAT->CAA  5031610 BET1 hit to 7939036 330482..330681 
3h5730090-1  CCGAATTTTCCGGATTCTACTG   AAGCTTCGCTTTGCCAGTAGAA   generic  semi-manual  coding  NM_006528  BM_D__  5  2    1      3727153-3727188        CCGAATTTTCCGGATTCTACTGGCAAAGCGAAGCTT    5730090 TFPI2 hit to 7939036 222889..223193 
3h5868360-1  CCTGTCTTTCAAGGGCCTTCTT   GTTTGGGGCAGAATAAGAAGGC   universal  semi-manual  non-coding    BM____  13  5          4766869-4766904  81%  166  69.40%  CCTGTCTTTCAAGGGCCTTCTTATTCTGCCCCAAAC  C->GC->TTG->TTCTTT->CCAAGGG->ACCTT->CCT->ATA->CT->CTC->TTGCCCCAAAC->G  "from clone 5868360, from bp 530032..530197 of h_cdk6+" 
3h5868360-2  GACTATGACAGGAGAAATGACG   CACAGGGTCAACTTCGTCATTT   universal  semi-manual  coding  AB033048  BM__CP  12  4      1  1  4837211-4837246  88%  154  91.70%  GACTATGACAGGAGAAATGACGAAGTTGACCCTGTG  GACTATGACA->CGGAGAAATGACGAA->CGTTGACCCTGTG->A  "from clone 5868360, from bp 600356..600509 of h_cdk6+" 
3h5868360-3  GACCAGATTGTGGAAGTGGATG   CACCAAGCTGATTCCATCCACT   universal  semi-manual  coding  AB033048  BMKDCP  8  4  3  12  4  1  4887808-4887843  87%  126  94.40%  GACCAGATTGTGGAAGTGGATGGAATCAGCTTGGTG  GACCAGATTGTGGAAGTG->TGATGGAATCAGCT->CTGGTG  "from clone 5868360, from bp 650967..651092 of h_cdk6+" 
3h5868437-1  AATGAAGCAGTCCCAGAGACAG   TGAATCCAGGCGCTCTGTCTCT   universal  semi-manual  coding  NM_053473  BMKDCP  5  2  1  9  8  4  4993240-4993275  84%  186  97.20%  AATGAAGCAGTCCCAGAGACAGAGCGCCTGGATTCA  AATGAAGCAGTCCCAGAGACAGAGCGCCTGGATTCA->G  "from clone 5868437, from bp 696601..696786 of h_cdk6+" 
3h5868437-2  CAGCCAGAGAAGAAATGATCAC   AAATGAGACCCTGGGTGATCAT   universal  semi-manual  non-coding    BMKD_P  3  2  1  9    5  5027482-5027517  85%  281  83.30%  CAGCCAGAGAAGAAATGATCACCCAGGGTCTCATTT  C->TAGCCAGA->GG->AAAGA->TAATGATCACCC->TAGGGTCTC->AATTT  "from clone 5868437, from bp 730845..731125 of h_cdk6+" 
3h5868437-3  TACTTCTGGTCTGCTGAGACTG   TGCCAATGGGATCACAGTCTCA   universal  semi-manual  coding  AF320003  B_KD_P  7    4  7    5  5088545-5088580  69%  207  88.90%  TACTTCTGGTCTGCTGAGACTGTGATCCCATTGGCA  TACTTCTGGTCTG->AC->GTGAGACTGTGATC->TCCA->GTTGGCA  "from clone 5868437, from bp 791906..792128 of h_cdk6+" 
3h5868437-4u  TCACACTGGAGATAAAAGCCAG   TACTTCCTAGTGGGCTGGCTTT   universal  semi-manual  coding  AF220944  BMKDCP  10  2  8  15  9  3  5114835-5114870  73%  70  94.40%  TCACACTGGAGATAAAAGCCAGCCCACTAGGAAGTA  TCACAC->GTGGAGATAAAAGCCAGCCCA->GCTAGGAAGTA  "from clone 5868437, from bp 818194..818268 of h_cdk6+" 
3h5868437-5  CATCCCAGTGAGTTGTAAGAGG   CTGCCAAGTGCATTCCTCTTAC   universal  semi-manual  non-coding    BMKD__  10  3  5  9      5145939-5145974  82%  472  77.80%  CATCCCAGTGAGTTGTAAGAGGAATGCACTTGGCAG  CA->GTCCCAGTGAGT->CTGTAAG->CAGGAAT->CG->AC->TA->GC->TTTGGCAG  "from clone 5868437, from bp 849068..849539 of h_cdk6+" 
3h5868437-7  AATTGCACTGTGGCAGTCCTGC   ATAACCCCAGGAAGGCAGGACT   universal  semi-manual  non-coding    BMKDCP  9  6  9  8  10  8  5194632-5194667  83%  316  97.20%  AATTGCACTGTGGCAGTCCTGCCTTCCTGGGGTTAT  AATTGCACTGTGGC->TAGTCCTGCCTTCCTGGGGTTAT  "from clone 5868437, from bp 897813..898128 of h_cdk6+" 
3h5868437-8  CCATGTGGAATGTCTTCTGGTG   TTGTGGTCCAGTAGCACCAGAA   universal  semi-manual  coding  NM_016116  BM_DCP  7  7    18  10  10  5220513-5220548  81%  348  80.60%  CCATGTGGAATGTCTTCTGGTGCTACTGGACCACAA  C->TCATGTGGAA->GTGT->CCTT->GC->ATGGTG->ACTA->GCTGGACCACAA  "from clone 5868437, from bp 923791..924138 of h_cdk6+" 
3h5868437-9  GGAACACAAAGTGGAGAAGAGC   CATCATCGGGGATAGCTCTTCT   universal  semi-manual  coding  NM_016116  BM____  5  5          5261192-5261227  88%  138  86.10%  GGAACACAAAGTGGAGAAGAGCTATCCCCGATGATG  GGAACAC->TAAAGTGGAGAA->CGAGCT->CATC->TCCC->TGATGATG  "from clone 5868437, from bp 964473..964610 of h_cdk6+" 
3h5868438-1u  GGAGCACTGGTGTTAATCTGTG   GGGAACTAAGATAACACAGATT   universal  semi-manual  non-coding    BM____  3  5          5274617-5274652  92%  50  88.90%  GGAGCACTGGTGTTAATCTGTGTTATCTTAGTTCCC  GGA->CGC->GACTGGTGTTAATCTGTGTTATC->TTTAGT->CTCCC  "from clone 5868438, from bp 977986..978035 of h_cdk6+" 
3h5868438-2  GGATCAATGCTTCCAATGTGGC   GACAGGAAACCCAAGCCACATT   universal  semi-manual  coding  NM_002612  _MK_C_    1  2    2    5317231-5317266  82%  210  88.90%  GGATCAATGCTTCCAATGTGGCTTGGGTTTCCTGTC  GGA->GTCA->GATG->ACTTCCAATGTGGCTTGGGTTTCCT->CGTC  "from clone 5868438, from bp 1020473..1020682 of h_cdk6+" 
3h5868438-3u  TGCCTAGTAGCATAAGTTTGGT   GCAGGACTGCTTTAACCAAACT   universal  semi-manual  non-coding    _M____    3          5346207-5346242  91%  123  86.10%  TGCCTAGTAGCATAAGTTTGGTTAAAGCAGTCCTGC  TGCCTA->GGTAGCA->GTAAGT->CTTGGTTAAAGCAG->AT->ACCTGC  "from clone 5868438, from bp 1049503..1049625 of h_cdk6+" 
3h5868438-4  TTACCCGAAGATCCAATCCTGC   CTTGTGCACAGGAGGCAGGATT   universal  semi-manual  non-coding    BM____  2  3          5383158-5383193  84%  255  66.70%  TTACCCGAAGATCCAATCCTGCCTCCTGTGCACAAG  TTACCC->AGAA->GGA->TTCC->TA->GA->GT->CCCTGC->TCTCCTGT->GGC->TA->GCAA->GG  "from clone 5868438, from bp 1086490..1086744 of h_cdk6+" 
3h5868439-Au  GTGTCTAATCACCCCCTTTCCA   CATCAAAAGGGAGGTGGAAAGG   universal  semi-manual  non-coding    BMKDCP  9  3  9  5  7  2  5590727-5590762  93%  369  97.20%  GTGTCTAATCACCCCCTTTCCACCTCCCTTTTGATG  GTGTCTAATCACCCCCTTTCCACC->TTCCCTTTTGATG  "from clone 5868439, from bp 1147599..1147967 of h_cdk6+" 
3h5868439-Bu  GGCACAAACACCTTGGTTCAAC   CGTCTGGTCAAAGTGTTGAACC   universal  semi-manual  non-coding    BMKDCP  10  3  8  6  5  6  5619365-5619400  90%  196  83.30%  GGCACAAACACCTTGGTTCAACACTTTGACCAGACG  GGCACAAAC->TACCTTGG->AT->CTCAACACTTTGA->GCCAG->CAC->AG  "from clone 5868439, from bp 1176100..1176295 of h_cdk6+" 
3h5868439-Cu  TCCTCCCATTTGCAATGCCTTG   GAAGGAATGTCACCCAAGGCAT   universal  semi-manual  non-coding    BMKDCP  10  3  6  5  8  2  5635182-5635217  90%  210  88.90%  TCCTCCCATTTGCAATGCCTTGGGTGACATTCCTTC  TCCTCC->TCATTTGCAATGC->TCTTGGGTGACATTCCT->AT->AC  "from clone 5868439, from bp 1192043..1192252 of h_cdk6+" 
3h5868439-D  CACACCAGAATACGTCTTCCAC   ACTCCTACCTGACAGTGGAAGA   universal  semi-manual  non-coding    BMKDCP  12  3  8  6  9  8  5661507-5661542  86%  533  91.70%  CACACCAGAATACGTCTTCCACTGTCAGGTAGGAGT  CACACCAGAATAC->TGTCTTCCACTGTCAGGTAG->TGA->CGT  "from clone 5868439, from bp 1218238..1218770 of h_cdk6+" 
3h5868439-Eu  AAAAGGAGGGTGGTCTTACCAG   AACTCCATCCTGCCCTGGTAAG   universal  semi-manual  non-coding    BMKDCP  11  3  11  4  10  7  5680326-5680361  92%  183  94.40%  AAAAGGAGGGTGGTCTTACCAGGGCAGGATGGAGTT  AAAAGGAGGGTGGTCT->CTACCAGGGCAG->AGATGGAGTT  "from clone 5868439, from bp 1237115..1237297 of h_cdk6+" 
3h5868439-F  GTCTCCATCAATCCTTGCTACC   ACCCTGAGTGTCAAGGTAGCAA   universal  semi-manual  non-coding    BMKD__  7  1  7  1      5694435-5694470  85%  309  83.30%  GTCTCCATCAATCCTTGCTACCTTGACACTCAGGGT  GTCTCCATCAATC->TC->GT->CT->CGC->TTACCTTGACAC->TTCAGGGT  "from clone 5868439, from bp 1251131..1251439 of h_cdk6+" 
3h5868439-Gu  CTGGTGTACTTTCAAACTTGCC   GCACAGAAGTCAGAGGCAAGTT   universal  semi-manual  non-coding    BMKDCP  7  2  10  4  17  9  5740608-5740643  95%  328  100.00%  CTGGTGTACTTTCAAACTTGCCTCTGACTTCTGTGC  CTGGTGTACTTTCAAACTTGCCTCTGACTTCTGTGC  "from clone 5868439, from bp 1297296..1297623 of h_cdk6+" 
3h5868439-Hu  TGAAGCCAGATATGATTGGGTG   GAACACCACATCTGCACCCAAT   universal  semi-manual  UTR  NM_004411  BMKDCP  6  2  7  7  11  14  5763409-5763444  90%  584  97.20%  TGAAGCCAGATATGATTGGGTGCAGATGTGGTGTTC  TGAAGCCAGATATGATTGGGTGCAGATGTGGTGTT->GC  "from clone 5868439, from bp 1320177..1320760 of h_cdk6+" 
3h5868439-I  TTCTGTCCAAACCAACATGGTC   GTAGTTGTGAGCCAGACCATGT   universal  semi-manual  non-coding    BMKDCP  8  1  7  7  9  11  5788422-5788457  94%  177  91.70%  TTCTGTCCAAACCAACATGGTCTGGCTCACAACTAC  TTCTGTCCAAACCAACATGGTCTGGCTC->TAC->GAACTA->CC  "from clone 5868439, from bp 1345174..1345359 of h_cdk6+" 
3h5868439-J  CTCCCACAAAAGAGCCAGTTGA   TGCAGAACCAACGATCAACTGG   universal  semi-manual  coding  NM_014251  BMKD_P  7  4  5  10    15  5849813-5849848  83%  237  88.90%  CTCCCACAAAAGAGCCAGTTGATCGTTGGTTCTGCA  CT->GCCCACAAAAGAGCCA->GGTTGATCG->TT->CTGGTTCTGCA  "from clone 5868439, from bp 1406606..1406842 of h_cdk6+" 
3h7144757-1  GCTTTAGGCAATGGACTCAAGG   CCCCTGGTTTATAACCTTGAGT   universal  semi-manual  non-coding    BM____  5  6          2537280-2537315  85%  164  80.60%  GCTTTAGGCAATGGACTCAAGGTTATAAACCAGGGG  GCT->ATT->GA->GG->AGCAATGGAC->TTCAAGG->CTTAT->CAAACCAGGGG  7144757 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-253G12 hit to 7629979 1077870..1078033 
3h7144757-2u  ATCCTCTTCTGTGGCTGTTGCT   GCCTTCACAAATACAGCAACAG   universal  semi-manual  non-coding    BM____  6  2          2946666-2946701  87%  215  80.60%  ATCCTCTTCTGTGGCTGTTGCTGTATTTGTGAAGGC  A->GTCCTCTTCTGTGGCTG->TTT->CG->TC->TTGTA->GTTTGTG->AAAGGC  7144757 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-253G12 hit to 7629979 1487146..1487360 
3h7144757-3  AGTCCAGCAAACCTATCTGCTC   GCTAGAAGCTCTGAGAGCAGAT   universal  semi-manual  non-coding    BM____  5  2          2973142-2973177  80%  2510  72.20%  AGTCCAGCAAACCTATCTGCTCTCAGAGCTTCTAGC  AGTCCA->TGC->AAAAC->TC->GTATCTGCTCT->GCA->CG->AAGCTTC->GTAG->TC->G  7144757 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-253G12 hit to 7629979 1513659..1516168 
3h7144757-4u  GCATTGAGTCATCCGGTGTTAC   GCTGTCATTGGTGTGTAACACC   universal  semi-manual  non-coding    ______              3028337-3028372  89%  203  77.80%  GCATTGAGTCATCCGGTGTTACACACCAATGACAGC  GCAT->GT->CGAGT->CCA->GTCCGGT->CGTTA->CCACACCAATGAC->AA->GGC  7144757 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-253G12 hit to 7629979 1568804..1569006 
3h7280290-1  CACCACAGTGAGTAAACTTGAG   AAGCTTGCGGGATACTCAAGTT   universal  semi-manual  non-coding    BM____  2  3          2655137-2655172  83%  166  77.80%  CACCACAGTGAGTAAACTTGAGTATCCCGCAAGCTT  CAC->GCACAGTGAGTAAACT->CTGA->GGT->GA->TT->CC->ACCGCAAGCTT->G  7280290 Mus musculus chromosome 5 clone RP23-135F23 hit to 7629979 1195713..1195878 
3h7280290-3u  CTGATGATGCCTCTTGTCTGTG   GATTCAGTCAGACACACAGACA   universal  semi-manual  non-coding    BMKDCP  4  4  4  9(6)  2  3  2758194-2758229  93%  286  80.60%  CTGATGATGCCTCTTGTCTGTGTGTCTGACTGAATC  CTGA->GTGATGC->TCTC->GTTGTCTGTGTGTCTG->CA->CC->AT->GGAATC  7280290 Mus musculus chromosome 5 clone RP23-135F23 hit to 7629979 1298726..1299011 
3h7280290-4u  CAGAGTGGCATGTTGAAAGAGC   AGCTGGTTACTATGGCTCTTTC   universal  semi-manual  non-coding    BM____  9  3          2785997-2786032  88%  159  86.10%  CAGAGTGGCATGTTGAAAGAGCCATAGTAACCAGCT  CAGAG->ATGGC->TA->GTGTTGAAAGAG->TCCATAGTAACC->TAGCT  7280290 Mus musculus chromosome 5 clone RP23-135F23 hit to 7629979 1326544..1326702 
3h7280290-5  TGACCTGCCCTATTATGCTAAC   TTGGGGCTTTCTATGTTAGCAT   universal  semi-manual  non-coding    BMK__P  11  2  5      1  2828720-2828755  84%  219  77.80%  TGACCTGCCCTATTATGCTAACATAGAAAGCCCCAA  TGACC->TTGC->TCCT->CATTA->GTG->ACT->AAACAT->CAGAAAGC->GCCCAA  7280290 Mus musculus chromosome 5 clone RP23-135F23 hit to 7629979 1369332..1369550 
3h7280290-6u  CTTGGTGACCTACAATAGCAGC   TGTGCAAGCAGTCAGCTGCTAT   universal  semi-manual  non-coding    BMKDC_  12  3  6  4  1    2856854-2856889  90%  163  94.40%  CTTGGTGACCTACAATAGCAGCTGACTGCTTGCACA  CTTGGTGACCT->CACAATAGCAGCTGACTGCT->CTGCACA  7280290 Mus musculus chromosome 5 clone RP23-135F23 hit to 7629979 1397393..1397555 
3h7328729-1u  GGAAAAGGTATAGGACTGTGTC   TCTGTGGTCTCTTCGACACAGT   universal  semi-manual  non-coding    _MKD__    1  4  1      4099079-4099114  87%  247  91.70%  GGAAAAGGTATAGGACTGTGTCGAAGAGACCACAGA  GGAAAA->GGGTATA->GGGACTGTGTCGAAGAGA->CCCACAGA  7328729 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-56M2 hit to 7939036 595044..595290 
3h7328729-2u  AGGAGTCTGCATGTCTAAGTGC   GCTGAGCATGTCTAGCACTTAG   universal  semi-manual  UTR  NM_000089  ______              4235323-4235358  90%  232  97.20%  AGGAGTCTGCATGTCTAAGTGCTAGACATGCTCAGC  AGGAGTCTGCATGTCTAAGTGC->GTAGACATGCTCAGC  7328729 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-56M2 hit to 7939036 731234..731465 
3h7328729-3u  GCCTGTTAAGAGGTAATGTGTG   CCTGATTGACAGCACACACATT   universal  semi-manual  non-coding    BM_DCP  11  1    15  1  9  4271984-4272019  92%  386  97.20%  GCCTGTTAAGAGGTAATGTGTGTGCTGTCAATCAGG  GCCTGTTAAGAGGTAATGTGTGTGCTGTCAATCAGG->C  7328729 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-56M2 hit to 7939036 767827..768212 
3h7328729-4  AAGCACATTGCCCTGGGATTTG   ACACCTGCTCAGGACAAATCCC   universal  semi-manual  non-coding    BMKDC_  13  1  11  14  9    4292704-4292739  89%  107  86.10%  AAGCACATTGCCCTGGGATTTGTCCTGAGCAGGTGT  AAGCAC->TA->TTTGC->GCCTGGG->AATT->CTGTCCTGAGCAGGTGT  7328729 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-56M2 hit to 7939036 817707..817851 
3h7363403-1  CTGTCAGACCATATGTTGTAGG   CTGGATCTTGGAGTCCTACAAC   universal  semi-manual  non-coding    BM__CP  9  4      1  5  1734760-1734795  81%  137  72.20%  CTGTCAGACCATATGTTGTAGGACTCCAAGATCCAG  CT->CG->ATCAGACCATA->TTGTTGTAG->CG->CAC->ATC->TCAAGA->GT->CC->TCAG  7363403 Mus musculus chromosome 5 clone RP23-166J14 hit to 7629979 275320..275456 
3h7363403-2  CCTAACAGATCACCTGAGTCTG   AACATTTCAAGGGGCAGACTCA   universal  semi-manual  non-coding    BMK___  16  4  4        2004498-2004533  80%  1560  75.00%  CCTAACAGATCACCTGAGTCTGCCCCTTGAAATGTT  CCTAA->GCAG->AATCA->CCCTGA->GGTCTG->AC->TCCCTTGA->GAAT->AG->TTT  7363403 Mus musculus chromosome 5 clone RP23-166J14 hit to 7629979 543753..545312 
3h7363403-3u  GCAGACTTGCCAATGTTATCAG   CTCCTGATGCTAAGCTGATAAC   universal  semi-manual  coding  NM_004912  BM_DCP  16  5    6  10  12  2054530-2054565  92%  206  91.70%  GCAGACTTGCCAATGTTATCAGCTTAGCATCAGGAG  GC->TAGACTTGCCAA->GTGTTATCAGC->TTTAGCATCAGGAG  7363403 Mus musculus chromosome 5 clone RP23-166J14 hit to 7629979 595056..595261 
3h7363403-4  GCAACACCACAAAGATTTGGCC   GATTCCAGATTGAGGGCCAAAT   universal  semi-manual  coding  AB037807  BMKD_P  12  6  5  5    3  2159265-2159300  85%  233  83.30%  GCAACACCACAAAGATTTGGCCCTCAATCTGGAATC  GCAA->GCAC->GCACAAAGAT->CT->CTGGCCCTCAA->GTCTGGAA->GTC  7363403 Mus musculus chromosome 5 clone RP23-166J14 hit to 7629979 699759..699991 
3h7363405-1u  TTCAGGGAACTTCGAGAACAGC   TTGAGGGTCACTTGGCTGTTCT   universal  semi-manual  coding  AK055965  B_KDC_  7    7  6  5    3093857-3093892  90%  134  94.40%  TTCAGGGAACTTCGAGAACAGCCAAGTGACCCTCAA  TTCAGGGAA->GCTTCGAGAACAGCCAAGT->CGACCCTCAA  7363405 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-318M11 hit to 7629979 1634462..1634595 
3h7363405-2  AACAGCTGGACGTAGCTCTTTC   TCTTGCAGATTTTGGAAAGAGC   universal  semi-manual  coding  NM_017667  B_K___  8    3        3113833-3113868  87%  143  94.40%  AACAGCTGGACGTAGCTCTTTCCAAAATCTGCAAGA  AACAGC->TTGGAC->TGTAGCTCTTTCCAAAATCTGCAAGA  7363405 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-318M11 hit to 7629979 1654420..1654562 
3h7363405-3u  CTCCCCATCAGTTTCACCTAGT   GAGACTGGCTGTTTACTAGGTG   universal  semi-manual  coding  NM_017667  B_KD_P  10    4  3    5  3147051-3147086  89%  193  86.10%  CTCCCCATCAGTTTCACCTAGTAAACAGCCAGTCTC  CTCCCCATCAGTTTCACCTAGTAAA->GCAGCCAG->TT->CC->AT->GC  7363405 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-318M11 hit to 7629979 1687634..1687826 
3h7363405-4u  TTTGACATCTGGGGATACGCTG   TCTGCCAACCCATACAGCGTAT   universal  semi-manual  UTR  AB058764  B___CP  10        3  8  3182713-3182748  87%  199  94.40%  TTTGACATCTGGGGATACGCTGTATGGGTTGGCAGA  TTTGACATCTGGGGATACG->AC->TTGTATGGGTTGGCAGA  7363405 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-318M11 hit to 7629979 1723215..1723413 
3h7417732-1  GACTGTTAGAGTGCTCCATCTC   TGGGGATTAGTGCAGAGATGGA   universal  semi-manual  non-coding    _M____    1          4080437-4080472  84%  322  66.70%  GACTGTTAGAGTGCTCCATCTCTGCACTAATCCCCA  GAC->TT->GGT->CTA->TGA->CG->ATGCTCCATCTC->TT->CG->CCACTA->CAT->CC->GCCCA  7417732 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-447L9 hit to 7939036 576338..576659 
3h7417732-3u  TAACAGCCTCGGAAATCAGTGG   TCCTAGAGACCACTCCACTGAT   universal  semi-manual  non-coding    BMKDCP  4  2  13  8  7  9  4188366-4188401  86%  336  88.90%  TAACAGCCTCGGAAATCAGTGGAGTGGTCTCTAGGA  TAAC->TA->GGCCTCG->AGAAATCAGTGGAGTGGTCTCT->CAGGA  7417732 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-447L9 hit to 7939036 684143..684478 
3h7417732-4  TCAACAATAGCAGCAGTGCCAC   AGCTGGTCAGCTATGTGGCACT   universal  semi-manual  non-coding    B_KDC_  4    15  10  10    4214649-4214684  83%  172  91.70%  TCAACAATAGCAGCAGTGCCACATAGCTGACCAGCT  TCAACAATAGCAGCAG->ATGCCACATAGCTG->AAC->GCAGCT  7417732 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-447L9 hit to 7939036 710522..710693 
3h7547088-1u  TTAGACTCTGGAGCCTTCACCT   CCAAAGGCAGTCAGAGGTGAAG   universal  semi-manual  non-coding    _M_D_P    3    5    11  3878725-3878760  88%  104  86.10%  TTAGACTCTGGAGCCTTCACCTCTGACTGCCTTTGG  TTAGACTCT->CG->AGAGC->TC->TTTCACCTCTGACTG->ACCTTTGG  7547088 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-130F23 hit to 7939036 374680..374783 
3h7547088-2u  TCTGTGAGGCCAATCCACAAAA   GATTGACATGACTGTTTTGTGG   universal  semi-manual  non-coding    _MKD_P    3  2  7    17  3890058-3890093  96%  165  91.70%  TCTGTGAGGCCAATCCACAAAACAGTCATGTCAATC  TCTGTGA->GGGCCAATC->GCACAA->GAACAGTCATGTCAATC  7547088 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-130F23 hit to 7939036 385991..386155 
3h7547088-3u  TGGGTCTCTCAGGAGACATAGC   TTGTCAATGCCGCTGCTATGTC   universal  semi-manual  non-coding    _M____    2          3935995-3936030  92%  187  83.30%  TGGGTCTCTCAGGAGACATAGCAGCGGCATTGACAA  TGGG->ATCTCTCAG->AGAGACAT->CAGCAGC->TGGCATTGA->GC->AAA  7547088 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-130F23 hit to 7939036 431842..432028 
3h7547088-4  TTCTTCAGGGCAGAAGAAGCTG   GGGAAATAAAGGCCCAGCTTCT   universal  semi-manual  non-coding    ______              3969493-3969528  81%  315  80.60%  TTCTTCAGGGCAGAAGAAGCTGGGCCTTTATTTCCC  TTCTTCAGGGCAGAAG->TAAGC->TTGGG->ACCT->CT->CTATTT->GC->TCC  7547088 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-130F23 hit to 7939036 465445..465759 
3h7547088-5  GAGACTGTATTACCTCAGGCAA   AGCATCTCATATGGTTGCCTGA   universal  semi-manual  non-coding    B_K__P  1    1      6  4007266-4007301  84%  200  77.80%  GAGACTGTATTACCTCAGGCAACCATATGAGATGCT  GAGA->CC->ATGTA->GTTACCTCAGGCAAC->GCATAT->CG->AAG->AATG->ACT  7547088 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-130F23 hit to 7939036 503219..503418 
3h7547088-6  TACAGTCCCAGTAGCTTTCTAG   GTCAACATTTGTGCCTAGAAAG   universal  semi-manual  non-coding    BM____  2  1          4055628-4055663  83%  162  88.90%  TACAGTCCCAGTAGCTTTCTAGGCACAAATGTTGAC  TACAGTCCCAGT->CAGCTTT->CCTAGG->ACAC->TAAATGTTGAC  7547088 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-130F23 hit to 7939036 551507..551668 
3h7629979-A  TTCACATGGTTGGGAGGGTCAT   AGAGACATCCATGCATGACCCT   generic  semi-manual  non-coding    _M____    3          1571435-1571470        TTCACATGGTTGGGAGGGTCATGCATGGATGTCTCT    7629979 112000..112500 
3h7629979-B  GTTGAGCTCTGTTGCTGGCAAA   GGTCTCTGTTACTCTTTGCCAG   generic  semi-manual  non-coding    B_____  8            1611216-1611251        GTTGAGCTCTGTTGCTGGCAAAGAGTAACAGAGACC    7629979 151500..152000 
3h7629979-C  GTTGTTTCCTGCAGGCAAAGTG   TGAGAAGTCACTGCCACTTTGC   generic  semi-manual  non-coding    BM____  9  2          1623728-1623763        GTTGTTTCCTGCAGGCAAAGTGGCAGTGACTTCTCA    7629979 164000..164500 
3h7629979-D  CTTCTCACCAGTGGGCTCCTAT   CTTCTTGGTAGGAGATAGGAGC   generic  semi-manual  non-coding    BMK_C_  8  1  1    3    1636635-1636670        CTTCTCACCAGTGGGCTCCTATCTCCTACCAAGAAG    7629979 177000..177500 
3h7629979-E  AAGTAGGGCAGAACAAGAGCAC   CAGCTTTCTCACCTGTGCTCTT   generic  semi-manual  non-coding    BM____  10  1          1657444-1657479        AAGTAGGGCAGAACAAGAGCACAGGTGAGAAAGCTG    7629979 198000..198500 
3h7629979-F  GAAACATGGCTGTGGCTCAAAC   AATCACGGCCTCAAGTTTGAGC   generic  semi-manual  non-coding    BM____  1  3          2701899-2701934        GAAACATGGCTGTGGCTCAAACTTGAGGCCGTGATT    7629979 1242500..1243000 
3h7629979-G  CTACTGAACTGAGAATGTACGC   AGGTCCTGCTATAGGCGTACAT   generic  semi-manual  non-coding    _M____    2          2707712-2707747        CTACTGAACTGAGAATGTACGCCTATAGCAGGACCT    7629979 1248000..1249000 
3h7629979-H  AAGCTGGTTCACAGGCCATTTG   CAGCAGCTTATCAGCAAATGGC   generic  semi-manual  non-coding    _M_DCP    3    7  1  1  2715132-2715167        AAGCTGGTTCACAGGCCATTTGCTGATAAGCTGCTG    7629979 1255500..1256000 
3h7629979-I  TCTTTGAGAGACCCTCAGCAAC   TGGATATCAGCGGTGTTGCTGA   generic  semi-manual  non-coding    _M____    2          2988679-2988714        TCTTTGAGAGACCCTCAGCAACACCGCTGATATCCA    7629979 1529000..1530000 
3h7629979-J  CACCCAACACGAAAATCACCTG   TCCGGAAGTGTAAACAGGTGAT   generic  semi-manual  non-coding    BM____  3  3          3022402-3022437        CACCCAACACGAAAATCACCTGTTTACACTTCCGGA    7629979 1563000..1564000 
3h7629979-K/3h7144757-5u  GTAAGCACAGCACACATAGTCC   GCCCAGAAGACAATGGACTATG   universal  semi-manual  non-coding    BMKDCP  4  1  3  5  3  3  3049836-3049871  87%  313  91.70%  GTAAGCACAGCACACATAGTCCATTGTCTTCTGGGC  GTAAGCACAGCACACATAGTCC->AA->GT->CTGTCTTCTGGGC  7629979 1590000..1591000/7144757 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-253G12 hit to 7629979 1590381..1590693 
3h7629979-L  AGAGCTTCTGCCTTCTTTCTGG   GTTCTCAGAACCACCCAGAAAG   universal  semi-manual  non-coding    B___CP  8        4  2  3082804-3082839  57%  56  55.60%  AGAGCTTCTGCCTTCTTTCTGGGTGGTTCTGAGAAC  AGA->GGCT->GT->GCTGCC->TT->ATCTT->CTCT->CG->AG->AGT->CG->AGT->ATCTG->AA->CG->AA->CAC  7629979 1623000..1624000 
3h7629979-M  GACTCAAGGATCAGATCAGCTC   AATGTTGGGTGGGAGAGCTGAT   generic  semi-manual  non-coding    _M___P    7        5  3417401-3417436        GACTCAAGGATCAGATCAGCTCTCCCACCCAACATT    7629979 1958000..1959000 
3h7629979-N  TAGAGCTCTCTTGCTCACCTAC   GCAAAGGCACAGAAGTAGGTGA   generic  semi-manual  non-coding    BM____  9  9          3433974-3434009        TAGAGCTCTCTTGCTCACCTACTTCTGTGCCTTTGC    7629979 1974000..1975000 
3h7629979-O  GGAACCAAGTCACACATGACAT   CACAAAGACACATCATGTCATG   universal  semi-manual  non-coding    BM____  1  6          3447599-3447634  71%  256  80.60%  GGAACCAAGTCACACATGACATGATGTGTCTTTGTG  GGAACCA->GAGTCACACATGA->GCA->TTGAT->AGTGT->CCT->CT->CTGTG  7629979 1988000..1989000 
3h7629979-P  GAAGTGAGTGGCTTTACTGTCC   CCCTAAAGTTCAAGGGACAGTA   generic  semi-manual  non-coding    BM____  7  8          3491188-3491223        GAAGTGAGTGGCTTTACTGTCCCTTGAACTTTAGGG    7629979 2031000..2032000 
3h7644557-1  GGCAAATCTTCCCACAGCTTTC   TTGAGCAGTTGGAGGAAAGCTG   universal  semi-manual  non-coding    BM____  1  3          3385993-3386028  86%  176  86.10%  GGCAAATCTTCCCACAGCTTTCCTCCAACTGCTCAA  GG->ACAAATCTTCCCACAGCT->CT->GTCCTCCAACTGCTC->AAA->G  7644557 Mus musculus chromosome 6 clone RP23-438J16 hit to 7629979 1926604..1926779 
3h7705074-2u  GCTTGAGAGATGGAGTAACATG   CCACAGACAATCGACATGTTAC   universal  semi-manual  non-coding